本书共分六个篇章，对故宫文物保护工程各个阶段的主要实施内容进行了详细的叙述，并在附录章节摘选了文物保护和建设相关的法律法规和管理办法，主要内容如下。
第一篇为概述，主要介绍了故宫概况、工程项目管理、故宫文物保护工程项目管理等。
第二篇为文物安全论证阶段，主要介绍了故宫文物保护工程立项之前所实施的一系列确保文物安全的工作，包括项目方案设计，拟建场地考古调查、勘探和发掘，项目文物影响评估，项目环境影响评估，项目施工振动影响评估等。
第三篇为前期工作阶段，主要介绍了故宫文物保护工程前期工作阶段的工作内容，包括前期工作阶段的文物保护、建设项目场地的选择、项目建议书、项目可行性研究等。
第四篇为设计阶段，主要介绍了故宫文物保护工程设计阶段的工作内容，包括设计阶段文物保护、拟建场地岩土工程勘察、初步设计、施工图设计等。
第五篇为施工阶段，主要介绍了故宫文物保护工程施工阶段的工作内容，包括施工阶段文物保护、风险管理、质量管理、进度管理、合同管理、成本管理、安全生产管理、设计与技术管理、绿色建造与环境管理、应急救援及事故处置管理、沟通管理、施工其他管理等。
第六篇为收尾与竣工验收阶段，主要介绍了故宫文物保护工程收尾与竣工验收阶段的工作内容，包括收尾与竣工验收阶段文物保护、工程收尾、项目竣工验收、工程结算、工程项目档案、项目后评价等。
附录摘选了与文物保护和建设相关的法律法规和管理办法等内容。